Вы правильно сделали, что взяли с собой медицинские документы на медкомиссию. Вы можете подать жалобу на то, что ваши документы не приобщили к личному делу, в военную прокуратуру, приложив копию экземпляра заявления о приобщении с отметкой о принятии. Ознакомиться с личным делом можно до медкомиссии, при желании. Вы также можете обжаловать решение призывной комиссии, районной или по итогам КМО, если не согласным с ним.

Повестка, брошенная в почтовый ящик, все еще не считается врученной. За неявку по ней ответственности не предусмотрено.

Есть, но очень сложные: 
- Обжаловать решение о мобилизации, в течение трех месяцев после мобилизации,
- Воспользоваться конституционным правом и требовать заменить военную службу на альтернативную гражданскую.

Повестка, которую вручили вашей маме, не считается врученной, по ней можно не ходить. У вас все еще остается врученная повестка, по которой вы не пришли.

Если вы не согласны с заключением врача, вам следует подать жалобу главному врачу, в свою страховую компанию, в Росздравнадзор и в минздрав своего региона. В жалобе следует подвергнуть сомнению диагноз, установленный вам этим врачем, подкрепив это заключениями врачей, полученных в других клиниках. Вы можете требовать проведения экспертизы качества оказанной вам медицинской помощи и проведения врачебного консилиума (врачебной комиссии) для установления точного диагноза.

За самовольное оставление части на срок более 1 месяца возможно наказание по статье 337 УК РФ - от 5 до 10 лет лишения свободы.
Есть много обстоятельств, влияющих на последствия, подробнее рассказывали в этом видео.
 

Какая именно у вас язва? Язвы освидетельствуются по главе 11 расписания болезней, ознакомьтесь с ней.
Вам нужно собрать полный пакет медицинских документов, подтверждающих наличие заболевания. Получить медицинские заключения с точными и подробными диагнозами, с указанием степени нарушения функций, тяжести заболевания, назначенного лечения, рекомендаций и ограничений. Затем сделать их заверенные копии и приобщить к личному делу призывника. Подробнее о том, как подготовиться и пройти медицинское освидетельствование, рассказывали в этом ролике.

Помните, что после получения категории В и зачисления в запас вы будете подлежать мобилизации.

Если вы не намерены проходить военную службу, вы можете подать заявление на АГС и уже после его рассмотрения и одобрения проходить медкомиссию. В случае, если там вам поставят категорию В, вас освободят и от военной службы, и от АГС. 

Рекомендуем срочно подавать на АГС.

Категория Д возможна при отслойке сетчатки нетравматической этиологии на обоих глазах. 

Если вы получали отсрочку по учебе в колледже, то в вузе ее получить уже не сможете.

Если по обучению в колледже у вас не было отсрочки, то вы сохраняете право получить ее в вузе.

1. Точно ответить затрудняемся. Скорее всего, вы потеряете отсрочку, поскольку закон сформулирован так, что право на отсрочку предоставляется либо при использовании академотпуска, либо при переводе, т.е. должно быть что-то одно. Но вам никто не запрещает попробовать посудиться с военкоматом и вдруг суд встанет на вашу сторону.
2. Не сохраняется.

Вам следует собрать медицинские документы, подтверждающие наличие у вас ожирения 3-й степени.
Чтобы изменить категорию годности до отчисления, придется отказаться от отсрочки.
Вы можете рассмотреть вариант академического отпуска.

Да, вас не могут призывать на военные сборы в течение двух лет со дня увольнения в запас,
если только вы не подписывали контракт на пребывание в мобилизационном людском резерве.

Вы освобождаетесь от военных сборов, если обучаетесь по очной или очно-заочной форме обучения

Медицинские документы заверяются в той медицинской организации, которая вам их выдала. Для этого нужно сделать ксерокопию своей справки и попросить своего врача ее заверить, при этом врач должен поставить свою личную печать и подпись. После этого пойти в приемную или регистратуру медицинской организации и попросить заверить документ подписью должностного лица, им, например, может быть заместитель главного врача, и гербовой печатью больницы.

Вам нужно отдать заверенные копии документов в военкомат вместе с заявлением о приобщении к личному делу. Подать документы можно лично, через представителя по доверенности или почтой ценным письмом. При подаче лично или через доверенное лицо, документы нужно отдавать в приемную или канцелярию военкомата под обязательную регистрацию. Это значит, что заявление о приобщении вы сдаете в двух экземплярах, на одном из них должны поставить отметку о принятии, этот экземпляр остается у вас как доказательство подачи заявления.