Да, вас могут оштрафовать на сумму от 500 до 3000р. за нарушение правил воинского учета. Да, вы можете сейчас сняться с учета удаленно, но вас все еще могут оштрафовать, так как вы делаете это несвоевременно.
Оштрафуют ли вас на самом деле, не знаем.

Теперь по закону нужно оповещать военкомат о каждом своем въезде в Россию, если ранее вы снимались с воинского учета. Сделать это можно по факту въезда письменно, в электронной форме или лично явившись в военкомат в течение двух недель после въезда. 
Однако мы считаем, что если вы приезжаете с краткосрочными целями, то в интересах безопасности оповещать военкомат об этом не стоит.

Чтобы сняться с воинского учета удаленно:

Нужно направить в военкомат заявление о снятии с воинского учета почтой ценным письмом с описью вложения или с представителем по доверенности. К заявлению приложите приписное (или военный билет) и копии документов, которые могут подтвердить, что вы постоянно проживаете за пределами РФ, например, копию РВП, ВНЖ, трудового договора, справки об обучении, паспорта другой страны и т.д. Поправки предусматривают, что функция снятия с учета в будущем появится в «Госуслугах», но когда это произойдет не известно.

Если будете сниматься с учета через представителя по доверенности:

Объясните своему представителю, чтобы он общался с сотрудниками военкомата только в письменном виде. Пусть не отвечает на вопросы и отвечает, что пришел только подать документы. Перед подачей заявления о снятии с воинского учета нужно сделать его копию, которая останется у доверенного лица с отметкой о принятии. Это нужно для доказательства подачи заявления. Представитель должен получить расписку о приемке-сдаче приписного или военника и/или справку о снятии с воинского учета.