Судя по всему, это можно будет сделать через госуслуги или направив заявление о снятии с воинского учета по почте ценным письмом с описью сложения и уведомлением о вручении либо через представителя по доверенности. К заявлению можете приложить копию паспорта другой страны как подтверждение того, что вы не проживаете в РФ.