Явка в военкомат осуществляется только на основании повестки, полученной надлежащим образом (лично в руки под подпись или по почте заказным письмом). Если повестку просто бросили в почтовый ящик, просунули в дверь или вручили родственнику, повестка не считается врученной, являться по ней не обязательно.

Если повестка пришла в электронном виде: Мы считаем рассылку электронных повесток незаконной, потому что это не соответствует требованиям закона:

• повестки рассылаются без использования Реестра воинского учета и Реестра повесток, которые на данный момент не функционируют;
• повестки подписаны военным комиссаром города Москвы, который не является уполномоченным лицом по их направлению. По закону воинский учет осуществляется военными комиссариатами муниципальных образований. Москва не является муниципалитетом; 
• ЕПП имеет неясный правовой статус и не обладает полномочиями вести воинский учет граждан.

Идти ли не идти в ЕПП по такой повестке — решать только вам.  
Подробнее мы написали статью про электронные повестки и ЕПП, ознакомьтесь с ней.

По повестке для уточнения документов не могут проводить медкомиссию. Так как ваш сын подал заявление на АГС, до проведения медкомиссии его должны рассмотреть. 

Если ваш сын обучается по очной форме обучения в организации, осуществляющей образовательную деятельность по имеющим государственную аккредитацию образовательным программам среднего общего образования, то он имеет право на отсрочку. 

Вы можете сопровождать сына в ЕПП или военкомате, ему может быть важна ваша помощь. Для этого вам нужна от него доверенность.